Die erste gesicherte schriftliche Erwähnung Germerings erfolgte zwischen 948 und 957. Damals wurde es unter der Bezeichnung Kermaringun anlässlich eines Tauschgeschäftes aktenkundig.
Erste schriftliche Hinweise auf Unterpfaffenhofen und die anderen Ortsteile erfolgten später.
Bereits 1448 gehörten Germering und Unterpfaffenhofen zum Landgerichtsbezirk Starnberg, der 1808 in 19 Steuerdistrikte aufgeteilt wurde. Einer dieser Distrikte umfasste Germering mit Unterpfaffenhofen, Puchheim und Streiflach. 1818 wurden die selbstständigen Gemeinden Germering und Unterpfaffenhofen gebildet. 1852 hat man diesen Steuerdistrikt dem Bezirksamt Bruck zugeordnet.
Die 1903 eröffnete Bahnlinie Pasing-Herrsching brachte die erste große Strukturveränderung. Ein weiterer großer Bevölkerungszuwachs erfolgte ab 1935 durch die WIFO-Siedlung und 1945/46 durch den Zuzug von Heimatvertriebenen. Diese Entwicklung setzte sich weiter fort.
Die Großgemeinde Germering wurde am 1. Mai 1978 aus den bis dahin selbstständigen Gemeinden Unterpfaffenhofen und Germering gebildet.
Am 12. April 1991 wurde Germering Stadt und am 1. Oktober 2004 Große Kreisstadt.
Heute hat Germering über 41.000 Einwohnerinnen und Einwohner.